民族英雄郑成功抗清北伐时，曾在洞头驻扎，留下一些记载和传说。

　　早在永历五年，即顺治八年（1651），洞头一带就有张名振部的抗清活动。据《浙江福建总督陈锦题本》等记载：“张名振、阮骏拥护伪鲁，已抵三盘，逼近温郡门户，原踞三盘之逆魁周崔芝先已登舟南遁。张名振等屡次统贼窥犯，意欲登岸抢掠，赖先发防海参将王晓、守备萧启荣等水陆堵剿，斩馘数百，逆艘方退。今仍盘踞三盘。”对此情况，陈认为时已初冬，少东南风，多北风，非海上用兵之时。故要求福建方面严加堵截，以切断其与郑成功部的联系。可是顺治九年正月十九日，张部还是向闽撤退，向郑成功靠拢。清兵乘机驱剿，直抵三盘，并将三盘房屋棚厂尽行焚毁，仅搜获战马5匹，旗帜火炮不等。张名振遥见根据地被焚，无地可居，又见清兵截击，遂向沙埕、镇下等处转移，最后在海坦岛驻扎，开始与郑成功部联合抗清。

　　到了永历九年，即顺治十二年（1655）七月，郑成功命中提督甘辉等率二十镇北上，八月“北上师阻风乏粮，就温台取粮”，开始北征。十月攻取舟山，十二月初一攻陷平阳蒲门所。据《浙江巡按叶舟揭帖》称：“贼船千余，贼众不计其数，齐至蒲门围困。蒲门把总梅应忠合成投贼。”至十二月十九日“大伙贼船，自大、小门扬帆，戗至黄华、岐头、沙埭等地游移劫去盐数十篓。洞头这时成为郑成功攻打陆地的桥头堡和跳板，但这还只是零星的活动。

　　而洞头正式大规模成为郑成功北征活动中心的是在永历十一年，即顺治十四年（1657）。那年正月二十五日，郑成功派遣总制行军司马兼水师前军张英总督北征水师，同总督后提督万礼督同左右先锋、前锋前往温州等地取积粮饷。二月初七，张英、万礼等师攻克蒲门、金乡等所卫，夺得城内米粟遣船运至前岐、沙埕、蓁屿、桐山等处。七月又兴师北征攻打台州府。这时，洞头一带成为郑成功部队的临时大本营。据《满文档案》载，清温州总兵尚好仁等报称：“九月十八日有大小贼船百余号，自大门向凤凰洋行驶。又有双帆水底■船八条向南驶去。又见大小四十余只贼船停泊于大门。二十四戌时，有大小贼船千余只停泊于大、小门一带。二十一日又有大小贼船五百余只，由大门经凤凰洋向南驶去。二十二日又于大、小门地方自北驶来。贼船四百余只，行驶无定。二十四日又自北驶来三十余大船行驶于大、小门海面。又逆贼大小一百六十余只船从大门向铜盘、凤凰洋东南驶去。二十五日三百余只贼船由北向南驶往大、小门。又有贼船由北向大、小门不停地驶去。又据报岐头地方大小贼船百余只驶向小门。”从这些报告中，可见当时洞头一带郑成功的水师活动非常频繁，其船只数量亦颇为庞大。洞头一时成为郑成功进攻与撤退的枢纽中心。